它们的区别在历史沿革、学术内容方面。
1、历史沿革： 国子监始建于元朝大德十年（公元1306年），是我国元、明、清三代国家管理教育的最高行政机关和国家设立的最高学府。翰林院则起源于唐代，主要负责起草诏书、编纂典籍等文化事务，历经宋、元、明、清等朝代，其职能和地位逐渐稳固。
2、学术内容： 国子监的教育内容以儒家经典为主，培养学生的经世致用能力。翰林院则侧重于文化研究、典籍编纂和文学创作，学术水平较高。
