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云南农业大学创办于1938年，前身是国立云南大学农学院。1958年独立建成昆明农林学院，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学。1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2009年、2013年、2014年云南省委省政府依托学校办学资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年经科技部、教育部审核批准建设新农村发展研究院。2021年成立云南省乡村振兴研究院。2008年教育部本科教学水平评估为优秀，2016年通过教育部本科教学审核评估。
