福田敬二于2005年来到世界卫生组织，2006年至2008年任全球流感规划处长，然后被任命为该规划主任。在他的指导下，该规划大大扩展了其在提供与季节性流感、禽流感和大流行性流感相关的技术领导和指导方面的全球作用。
2009年3月被世界卫生组织任命为临时主管卫生安全和环境的助理总干事（Assistant Director-General for Health Security and Environment ad interim）。
