湖州市国家税务局下设两个主要派出机构，分别承担各自区域内的税务管理工作。
首先，吴兴分局主要负责吴兴区（非直属分局管辖区域）的纳税人税务管理。其职责包括对纳税人的税务登记进行认定和管理，确定申报方式和纳税定额，实施纳税评估，严格发票管理，审批减免、抵扣和退税事宜，以及对零散税收进行征管。
其次，南浔分局则专司南浔区内的专业税务管理工作。其职责同样涵盖税务登记和认定、申报方式与纳税定额的核定，防伪认证的执行，纳税评估的进行，发票管理的监督，减免、抵扣和退税审批，以及零散税收的全面征缴。
