管理科学与工程是一级学科，属于管理学门类，管理科学与工程下设很多个方向（专业，视同二级学科），工程管理是其中的一个方向/专业，至于你说的设置在土木学院或者设置在管理学院，其实问题不大的，因为这个专业就是土木学科和管理学科的结合，所以两者都是可以放的。比如说比较有名的：清华大学工程管理相关专业设置在土木水利学院的建设管理系；同济大学工程管理相关专业目前都设置在经济与管理学院建设管理与房地产系，另外也有独立设置一个学院的，比如重庆大学建设管理与房地产学院。
