高性能计算集群通过将计算任务分散到集群中的不同计算节点，显著提高了计算能力，主要应用于科学计算领域。流行使用的HPC通常基于Linux操作系统及其他免费软件，实现并行运算。这种集群配置常被称为Beowulf集群。这类集群运行特定程序，以充分利用HPC集群的并行处理能力。程序通常配合特定运行库使用，例如专为科学计算设计的MPI库。
HPC集群特别适合于计算作业中涉及大量数据通讯的情况，例如一个节点的中间结果可能影响到其他节点的计算结果。这种场景在需要大量并行处理的科学计算中极为常见，因此HPC集群在这些领域具有显著优势。
