1、使用情况不同
付款申请到在购买货物时使用，是给供货单位的书面单据形式。
借款单是在报销费用时用的。
2、性质不同
借款单是合同的一种
付款申请单是书面单据形式
3、付款方式不同
填写了借款单可以向公司借款，员工手上可以取得借款，但是付款申请单不是向公司借款，而是请求公司直接付款。
4、内容不同
付款申请单上的内容主要有日期、编号、申请部门、金额、说明、冲销日期、经理、主管、申请人、会计、冲帐
借款单上的主要内容有：部门、借款事由、审批意见、借款金额、借款人等
参考资料来源：百度百科-借款单
参考资料来源：百度百科-付款申请单
