南京中医药大学的专业主要可以分为中医、药学、护理、公共卫生、食品与营养、管理等几个大类，具体专业有：
中医类专业：
1.中医学
2.针灸推拿学
3.中西医结合临床医学
药学类专业：
1.药学
2.中药学
3.药物分析学
4.药事管理学
护理类专业：
1.护理学
2.康复治疗学
公共卫生类专业：
1.预防医学
2.卫生监督
3.环境卫生与职业病学
4.健康教育
食品与营养类专业：
1.营养与食品卫生学
2.食品科学与工程
管理类专业：
1.医药营销与管理
2.管理科学与工程
