中国人民解放军空军第十三飞行学院提供多种专业设置，以满足不同需求的学员发展。
首先，歼击航空兵初级指挥本科专业专注于培养具有歼击机飞行驾驶技术的精英。该专业旨在培养具备初步航空兵部队指挥和管理能力的初级指挥干部。招生对象主要为长春飞行学院的学员，学制为四年，与长春飞行学院课程总计。毕业生将有机会在空军和海军的歼击机航空兵部队担任飞行工作。
飞行原理本科专业则聚焦于飞行教学领域。该专业培养的是能够从事飞行院校飞行原理教学的专业技术人才。招生对象包括不适合飞行的飞行学院学员和具有大专学历的教员。学制为两年，毕业生将专长于在空军飞行院校进行飞行原理的教学工作。
