意思不一、包括不一样。
1、意思不一：专业作业是根据工程设计图纸、规范及相关标准，采用正确的施工方法和技术，经过施工组织管理，按照质量标准要求，完成的专业性施工活动。而专业工程以科学技术为基础，以实现人类社会对于各种工程项目的需求为目标，通过设计、建造、维护和改进各种工程项目的过程中所涉及的一系列学科和技术领域的综合性学科。
2、包括不一样：专业作业包括木工作业、砌筑作业、抹灰作业、石制作作业等；而专业工程包括木工程、建筑学、电子信息科学与技术、电子信息工程等。
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