南京农业大学是南京相对来说排名较低的学校，也不能说最差的。
南京农业大学在大学社团中排名全省第5，全国第48，在软科学版中排名全省第8，全国第69，根据往年的高考分数线，南京农业大学排名低于南京理工大学、南京航空航天大学和河海大学，它在整体排名中远远落后。
南京农业大学的能力被严重低估，超过了一些985学校的表现，教育部第四次学科评估结果显示，学校的植物保护、农林经济管理、作物学和农业资源与环境被评为A+级，四个学科在全国名列前茅，均为全国并列第一，其他三个学科被评为A。
